プライマーTm計算ツール
3つの方法でプライマー融解温度を計算する無料ツールです：Basic法（Wallace則）、塩補正法（Owczarzy）、Nearest-Neighbor法（SantaLucia 1998統一パラメータ）。DNA配列とPCR条件（Na⁺、プライマー濃度、Mg²⁺）を入力すると、色分け塩基表示、GC%バー、分子量、プライマー品質警告付きのTm値が得られます。登録不要。
融解温度（Tm）結果
Tm計算方法
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プライマーTm計算ツールとは？
プライマーTm計算ツールは、二本鎖DNAの50%が一本鎖に解離する融解温度を推定するツールです。融解温度はPCRプライマー設計において極めて重要であり、最適なアニーリング温度は通常Tmより5°C低く設定されます。本ツールでは3つの方法を提供します：迅速な推定のためのBasic Wallace則（2(A+T) + 4(G+C)）、Na⁺濃度を考慮した塩補正法（Owczarzy）、そして16種のジヌクレオチドペアの熱力学パラメータ（ΔH、ΔS）を用いたNearest-Neighbor法（SantaLucia 1998） — 15〜30 ntのプライマーに最も正確な方法です。
使い方
- DNAプライマー配列を入力してください（5′→3′方向、A/T/G/C塩基のみ）
- PCR条件を調整：Na⁺濃度（デフォルト50 mM）、プライマー濃度（デフォルト250 nM）
- 3つの方法によるTm結果を確認 — Nearest-Neighbor法（ハイライト表示）がほとんどのプライマーに推奨されます
- GC%バーとプライマー品質警告で潜在的な問題を確認してください
- コピーボタンをクリックして、すべての結果をラボノートに書き出せます
よくある質問
PCRプライマー設計にはどのTm計算方法を使うべきですか？
15〜30ヌクレオチドのPCRプライマーには、Nearest-Neighbor法（SantaLucia 1998）が最も正確です。隣接する塩基対の配列コンテキストをすべて考慮するためです。Basic/Wallace則は短いオリゴヌクレオチド（14 nt以下）にのみ信頼性があり、塩補正法はイオン強度を考慮した迅速な推定が必要な場合に中間的な方法を提供します。
PCRプライマーの理想的なGC含量はどのくらいですか？
PCRプライマーの理想的なGC含量は40〜60%です。GC塩基対はATに比べて3つの水素結合を形成するため、GC含量が高いほど結合安定性が増します。40%未満ではプライマーとテンプレートの結合が弱くなる可能性があります。60%を超えると、増幅効率を低下させる二次構造（ヘアピン、ダイマー）を形成する可能性があります。
Na⁺濃度はプライマーTmにどのように影響しますか？
ナトリウムイオン（Na⁺）はDNAリン酸骨格の負電荷を中和し、二重らせんを安定化させてTmを上昇させます。標準的なPCRバッファーには約50 mM相当のNa⁺（KClなどの塩から）が含まれています。塩濃度が高いとTmが上昇し、低いと低下します。Nearest-Neighbor法と塩補正法はどちらもこの効果を考慮しています。
GCクランプの警告は何を意味しますか？
GCクランプとは、プライマーの3′末端に複数のGまたはC塩基があることを指します。3′末端に1〜2個のGC塩基があるとテンプレートへの安定した結合が促進されますが、末尾5塩基中4つ以上がG/Cであると3′の安定性が過剰になり、非特異的プライミングやプライマーダイマーの形成を引き起こす可能性があります。